Быстро и в каплях: технология поиска новых биопрепаратов

Наука и жизньНаука

Вести из институтов, лабораторий и экспедиций

Лауреаты премии Правительства Москвы молодым учёным 2019 года

Премия Правительства Москвы молодым учёным, работающим в научных центрах и университетах столицы, вручается уже в седьмой раз. Лауреатами конкурса становятся исследователи моложе 36 лет (для докторов наук граница 40 лет). Сейчас премия присуждается в 22 номинациях, включая достижения в фундаментальных и прикладных исследованиях в области естественных и гуманитарных наук, а также за разработку и внедрение новых технологий. Лауреаты в каждой номинации получают по 2 миллиона рублей; если премия присуждается научному коллективу, тогда сумма делится поровну между исследователями. В феврале 2020 года состоялось вручение премий за 2019 год, а с 20 апреля по 10 июля 2020 года открыт приём новых заявок на участие в конкурсе за 2020 год (подробности: https://nauka.mos.ru).

В прошлом номере журнал рассказывал о работе двух лауреатов 2019 года, Сергея Ильина и Антона Лядова из Института нефтехимического синтеза им. А. В. Топчиева РАН, создавших низкотемпературную биоразлагаемую смазку на основе целлюлозы и её производных (см. «Наука и жизнь» № 5, 2019 г.). Представляем работы ещё нескольких лауреатов конкурса.

Быстро и в каплях: технология поиска новых биопрепаратов

Борьба с коронавирусной инфекцией приковала к себе внимание всего земного шара, но это совсем не повод забыть о других патогенах, которые могут представлять опасность для человечества. Микроорганизмы, а это и вирусы, и бактерии, и грибы, и некоторые другие формы жизни — вся эта мелкая братия, что называется, не дремлет и, как любое живое существо, эволюционирует, приспосабливаясь к меняющимся условиям окружающей среды. Один из таких факторов изменчивости — сам человек, точнее его борьба против микробов. Чтобы не умирать от инфекций, вызванных бактериями, или не умереть от голода, если инфекции поразят сельскохозяйственные культуры или животных, мы широко используем антибиотики. Ответом на это стало возникновение и распространение бактерий, устойчивых к традиционным антибиотикам. К тому же разные микроорганизмы могут передавать друг другу устойчивость к антибиотикам благодаря такому эффекту, как горизонтальный перенос генов. В результате меньше чем за век с начала широкого использования антибактериальных препаратов мы столкнулись с новой проблемой, грозящей поставить жирную точку золотому веку антибиотиков — антибиотикорезистентностью, или, что то же самое, устойчивостью к антибиотикам (см. «Назад в доантибиотиковую эру?», «Наука и жизнь» № 5, 2019 г.).

Принципиальная схема поиска антибиотической активности с помощью технологии высоко-
производительного скрининга: 1) отбор проб, содержащих бактериальное сообщество; 2) ин-
капсуляция в каплях эмульсии индивидуальных клеток вместе с клетками-мишенями; 3) рост
колоний бактерий в изолированных каплях; 4) отбор с помощью микрофлюидной технологии
капель с колониями, в которых «дикие» бактерии подавили рост бактерий-мишеней. Именно
в них находятся интересующие исследователей бактерии-«убийцы» со способностью продуцировать антибиотики. 

В самой антибиотикорезистентности нет ничего нового — большинство антибиотиков представляют собой природное «оружие», которое разные микроорганизмы используют против бактерий (например, грибы против бактерий, бактерии против других бактерий и т. д.). Соответственно у тех же бактерий существуют эволюционно выработанные механизмы химического нападения и защиты. Проблема заключается в том, что человек, если так можно выразиться, ввязался в «чужую» войну, взяв химические вещества, вырабатываемые одними микроорганизмами, чтобы использовать их против других, опасных для себя возбудителей болезней. Разумеется, те вторые ответили ускоренной эволюцией методов защиты и их передачей своим «братьям по оружию».

Одержать окончательную победу в этой эволюционной гонке не получится, но неплохо попытаться быть на шаг или хотя бы на полшага впереди и иметь в кармане новый антибиотик, когда старый уже утратит свою силу. Для этого нужно уметь находить новые средства борьбы быстрее, чем бактерии успевают к ним адаптироваться. Большинство современных антибиотиков обязаны своим появлением простому и эффективному методу, получившему название «платформа Ваксмана» (по имени первооткрывателя стрептомицина Зельмана Ваксмана). Его суть в том, что на слой питательной среды высевались бактерии из почвы, а затем поверх первого слоя заливался второй, в который уже высевали бактерии-мишени. Если в слое, где росли колонии бактерий-мишеней образовывалась зона просветления, то есть бактерии росли плохо или вовсе погибали, это означало, что какая-то бактерия из нижнего питательного слоя вырабатывала вещество-антибиотик, отравляя жизнь «соседям» сверху. Дальше задача состоит в том, чтобы выделить полезную бактерию и определить действующее вещество. Однако с помощью такого метода можно находить только хорошо культивируемые бактерии, к тому же вырабатывающие антибиотики в больших количествах. Собственно, их довольно быстро и нашли, а вот дальше так искать стало сложнее.

Помочь в поиске новых антибиотиков могут методы высокопроизводительного скрининга, позволяющие в автоматическом режиме исследовать миллионы различных вариантов взаимодействия в биохимических системах. За разработку микрофлюидных технологий и методов синтетической биологии для ультравысокопроизводительного скрининга на уровне единичных живых клеток, которая может быть использована в том числе для поиска новых антибиотиков, двое исследователей, доктор химических наук Илья Андреевич Остерман и кандидат химических наук Станислав Сергеевич Терехов, получили в феврале 2020 года премию Правительства Москвы молодым учёным за 2019 год. Илья Остерман — выпускник химфака МГУ им. М. В. Ломоносова, в настоящее время совмещает должности главного научного сотрудника Центра наук о жизни Сколтеха и старшего научного сотрудника на кафедре химии природных соединений химического факультета МГУ. Станислав Терехов — научный сотрудник Лаборатории биоинформационных методов комбинаторной химии и биологии Института биоорганической химии им. академиков М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова. Так как же устроена эта технология и какие результаты с её помощью можно получить?

Основа метода — помещение индивидуальной живой клетки, например, бактерии, в каплю жидкости, которая становится для неё своеобразным домом, говоря по-современному — клетку принуждают к «самоизоляции». Сама же капля не висит в воздухе и не лежит на поверхности, а находится в другой жидкости — вместе они образуют микрофлюидную эмульсию. Система подобна той, что образуется, если встряхнуть смесь масла и воды: в одной жидкости начинают плавать капли другой. В зависимости от условий можно получать эмульсии с очень малым размером таких капель. Чтобы клетка «не скучала» на самоизоляции, в её каплю-дом можно подселить соседа — бактерию-мишень. Тогда, если первая бактерия умеет делать антибиотики, действующие против бактерий-мишеней, то в таких каплях бактерии-мишени не будут размножаться. Подсмотреть за тем, что происходит в каждой отдельной капле, можно с помощью флуоресцентных маркеров — белков, которые светятся при облучении лазером с определённой длиной волны. Например, если в капле размножается бактерия, производящая флуоресцентный белок, то она будет светиться под лазером зелёным светом, а вслед и вся капля спустя некоторое время будет светиться зелёным. Если же рост этих бактерий подавляется токсичной бактерией-соседкой, тогда зелёного свечения у капли не будет. Это самый простой случай, на деле, как правило, используется несколько красителей, и информации о жизни внутри капли получается больше.

Метод помогает создавать огромное количество таких капель и с очень большой скоростью их исследовать, пропуская поток эмульсии через специальное устройство — микрофлюидный чип. В нём капли выстраиваются друг за дружкой, поэтому можно не просто просветить лазером каждую каплю в отдельности, но даже отсортировать капли в зависимости от того, что мы в них увидим, и подвергнуть их дальнейшему анализу — изучить их геном и т. д. Например, отобрать капли, в которых один вид бактерий подавил рост других. За одну секунду можно проанализировать до 30 000 отдельных капель. Легко посчитать, что на скрининг миллиона капель потребуется чуть больше половины минуты, а для миллиарда капель — порядка 10 часов. С помощью такой технологии можно не только изучать, как бактерии подавляют друг друга, используя антибиотики, но и оценивать воздействие лекарственных препаратов на бактериальные сообщества или использовать скрининг для направленной эволюции ферментов.

В ходе работы исследователями была разработана система для высокопроизводительного поиска новых антибиотиков с одновременным определением механизма их действия, получившая название pDualrep2. Антибиотики могут как убивать бактериальные клетки, например, разрушая клеточные стенки, так и тормозить их рост и размножение, облегчая организму борьбу с инфекцией силами собственного иммунитета. Мешать бактериальной клетке жить и плодиться можно разными способами, но примерно половина известных антибиотиков делают это, вставляя палки в колёса одной из важнейших молекулярных машин клетки — рибосоме. В рибосоме происходит синтез необходимых клетке белков, соответственно, если антибиотиком «испортить» рибосому, то и вся бактерия на некоторое время выйдет из строя. С помощью биохимической системы pDualrep2 можно в высокопроизводительном режиме определить, какое из тестируемых веществ действует как антибиотик, и работает ли оно по принципу «остановки» рибосомы. В ходе исследований были найдены несколько новых ингибиторов синтеза белка. Например, клебсазолицин — новый пептидный антибиотик, вырабатываемый штаммом бактерии Klebsiella, закупоривает туннель, через который пептид покидает рибосому.

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Трагедия Эйнштейна, или счастливый Сизиф Трагедия Эйнштейна, или счастливый Сизиф

Очерк третий. Эйнштейн в Америке

Наука и жизнь
Немедикаментозное снижение массы обрекло канадца на хроническую боль Немедикаментозное снижение массы обрекло канадца на хроническую боль

Почему может развиться хроническая боль на фоне снижения массы тела

N+1
Поля морей Поля морей

Новые технологии сельского хозяйства: фермы в океане

Популярная механика
Юродивый из Лефортова Юродивый из Лефортова

Почему смерть рэпера обсуждала вся страна и что не так с молодежной политикой?

Монокль
Замечательный сосед Замечательный сосед

Жители мадагаскарского острова решили наладить дружеские отношения с животными

Вокруг света
«Я, наверное, вас удивлю…» «Я, наверное, вас удивлю…»

Ирина Безрукова — о возрасте, красоте и женской силе

OK!
Используй ложку и телефон: 20 способов доставить себе удовольствие Используй ложку и телефон: 20 способов доставить себе удовольствие

Двадцать разных способов мастурбации на любой вкус и цвет

Cosmopolitan
Запечатанный воздух Запечатанный воздух

Японские семейные тайны Сахалина

Weekend
Эффект Новой Земли, или История одного миража Эффект Новой Земли, или История одного миража

Эффект Новой Земли — так называется редкое оптическое явление

Наука и жизнь
Право на смелость Право на смелость

Певица Люся Чеботина и психолог Анетта Орлова — о любви к себе и сепарации

Psychologies
Тайна форсажного пламени Тайна форсажного пламени

Что такое форсаж?

Популярная механика
От Аттилия до Спартака: 5 знаменитых гладиаторов Древнего Рима От Аттилия до Спартака: 5 знаменитых гладиаторов Древнего Рима

История первых гладиаторских боев корнями уходит еще в III век до нашей эры...

ТехИнсайдер
Военные преступления Военные преступления

Первая часть ответов на вопросы о военных преступлениях Второй мировой войны

Дилетант
От жуткого хоррора до ироничной пародии: как кино переосмысливает классические сказки на новый лад От жуткого хоррора до ироничной пародии: как кино переосмысливает классические сказки на новый лад

Оригинальные проекты, переосмысливающие классические сказки в неожиданном ключе

Правила жизни
Микроскопические свидетельства глобальных катастроф Микроскопические свидетельства глобальных катастроф

Кандидат физико-математических наук о том, как метеориты влияют на нашу судьбу

Наука и жизнь
Десять цветов Десять цветов

Самые древние и почитаемые традиционные ремесла – часть культурного кода Мьянмы

Вокруг света
Реформа армии Реформа армии

Петр I провел радикальную реформу армии по европейскому образцу

Дилетант
Новое прочтение Новое прочтение

Современная архитектура и продуманный классический интерьер: дом в Подмосковье

SALON-Interior
Дочери феи и дракона: как сестры Чынг собрали армию и освободили Древний Вьетнам Дочери феи и дракона: как сестры Чынг собрали армию и освободили Древний Вьетнам

Как сестры Чынг освободили Вьетнам из-под гнета Китая?

Forbes
Елизавета Юрьева: «Гордость зачастую – это способ защиты» Елизавета Юрьева: «Гордость зачастую – это способ защиты»

Елизавета Юрьева рассказывает, как она стала цыганкой

Ведомости
Рене Зеллвегер. В поисках счастья Рене Зеллвегер. В поисках счастья

Хелен Филдинг решила на этот раз не фантазировать, а списать с жизни самой Рене?

Караван историй
У себя дома У себя дома

Современный европейский интерьер с арт-объектами

SALON-Interior
Жуткая история Крис Кремерс и Лизанны Фрун, которые исчезли во время похода в Панаме Жуткая история Крис Кремерс и Лизанны Фрун, которые исчезли во время похода в Панаме

Жуткая история туристок, от которых остались только кости

ТехИнсайдер
Биология на рубеже веков, или Сто лет тому вперед Биология на рубеже веков, или Сто лет тому вперед

Биология в 1900-х годах по темпам своего развития ничуть не отставала от физики

Знание – сила
Дмитрий Ермузевич: Отличный кадр Дмитрий Ермузевич: Отличный кадр

Фотограф Дмитрий Ермузевич о магии, которая случается, когда «вылетает птичка»

Maxim
Впервые в лаборатории воссоздана нервная цепь человеческой боли Впервые в лаборатории воссоздана нервная цепь человеческой боли

Ученые воспроизвели важный нервный путь, из-за которого человек чувствует боль

ТехИнсайдер
11 натуральных чистящих средств, которые найдутся у тебя на кухне 11 натуральных чистящих средств, которые найдутся у тебя на кухне

Если жизнь подкинула тебе лимон, почисти им смеситель!

VOICE
Доходное расхождение Доходное расхождение

Как продавцы маркетплейсов объяснят расхождения в налоговых декларациях

Ведомости
Следите за словами Следите за словами

Каких фраз нужно избегать, чтобы сохранить гармонию в союзе с любимым мужчиной?

Лиза
Аналог ацтекского омичикауацтли из человеческой кости выявили среди находок из Техаса Аналог ацтекского омичикауацтли из человеческой кости выявили среди находок из Техаса

Какие ацтекские артефакты обнаружили на юге Техаса

N+1
Открыть в приложении