Биолог Сванте Паабо создал отдельную научную дисциплину — палеогеномику

Наука и жизньНаука

Гены древних людей

Кирилл Стасевич

Сванте Паабо, создатель палеогеномики.

Нобелевская премия по физиологии и медицине 2022 года присуждена шведскому биологу Сванте Паабо «за открытия, касающиеся геномов вымерших гоминин* и эволюции человека». Паабо сумел найти подход к доисторической ДНК, создав тем самым отдельную научную дисциплину — палеогеномику. Именно благодаря его работам удалось прочитать геном неандертальца, а список видов Homo пополнился человеком денисовским.

* Гомининами называют группу приматов, к которым относится род людей — Homo и род шимпанзе — Pan.

До поры до времени все сведения о древних людях получали, анализируя их кости, их орудия труда, остатки животных, которых они ели на своих стоянках, и т. д. Сравнивая возраст находок, сравнивая места, где их нашли, можно многое узнать о том, как жили неандертальцы и сапиенсы, куда мигрировали, где встречались. Но некоторые тонкости их биологии и поведения просто по костям не узнаешь (в том числе и потому, что кости часто находят не в виде полного аккуратного скелета, а в виде разрозненных обломков). Например, были ли неандертальцы одинаковы на всей территории Евразии, от пиренейских пещер до Алтая? Можно ведь предположить, что их становилось то больше, то меньше, разные популяции теряли контакт друг с другом, переставали вступать в брачные отношения и начинали накапливать кое-какие генетические отличия. А для того чтобы увидеть такие генетические отличия, нужно прочесть неандертальскую ДНК. Или другой пример: общение между Homo neanderthalensis и Homo sapiens. Насколько братскими были отношения между этими братскими видами? Они могли на дух не переносить друг друга, и многие исследователи полагают, что H. sapiens просто вытеснил H. neanderthalensis (хотя есть данные и о том, что неандертальцы исчезли сами, по крайней мере, в некоторых регионах). В то же время конкуренция не обязательно исключает брачные отношения: оба вида могли спариваться и давать гибридное и вполне плодовитое потомство, что не так уж редко встречается в дикой природе. По строению костей нелегко определить, гибрид это или нет. Опять всё упирается в ДНК. Да, её можно извлечь из костной ткани. Но речь-то идёт не о современных костях, а о тех, которые провели в земле десятки и сотни тысяч лет. Прочесть тысячелетнюю ДНК — это что-то из области фантастики. Сванте Паабо стал нобелевским лауреатом как раз потому, что сделал фантастику былью.

ДНК египетских мумий и доисторических животных

Любой рассказ о научной карьере Сванте Паабо начинается с его увлечения Древним Египтом. Учась в Уппсальском университете, он занимался аденовирусами и их взаимодействием с иммунной системой, но свободное время тратил на то, чтобы извлечь ДНК из кусочков египетской мумии возрастом 2400 лет. Цель была в том, чтобы проверить, можно ли вообще найти ДНК в настолько старых образцах. ДНК из мумии выделить удалось, и она даже оказалась человеческой, однако вскоре Паабо понял, что ДНК, которую он выделил, была не древней, а современной. Люди постоянно разбрасывают вокруг себя собственную ДНК: она высвобождается из отмирающих клеток. Хотя её довольно мало, она способна заслонить собой ту ДНК, которую требуется изучить, особенно если этой ДНК тоже немного. Зато благодаря экспериментам с мумией удалось понять, что работать с древними образцами нужно в стерильных условиях.

В 1987 году Паабо перебирается в лабораторию выдающегося исследователя Аллана Чарльза Вильсона в Калифорнийском университета в Беркли (США). Вильсон был едва ли не первым, кто на практике применил молекулярно-биологические подходы к эволюции, в том числе и к эволюции человека. В частности, проанализировав митохондриальную ДНК людей с разных континентов, Вильсон и его коллеги обнаружили, что всё человечество берёт начало в Африке. Но Вильсон работал с ДНК, взятой у современных людей. Паабо же хотел добраться именно до древней ДНК.

Сначала эксперименты ставили с остатками животных, чтобы поменьше обращать внимание на загрязнения: если вы нашли лошадиную ДНК в костях доисторической лошади, то вам не нужно ломать голову, принадлежит ли она действительно доисторической лошади или же эти кости трогала какая-то современная лошадь. Хотя, кроме загрязнений современной ДНК, исследователям пришлось что-то делать с древними загрязнениями, в первую очередь с ДНК микроорганизмов, которые тысячи лет назад питались на этих костях мёртвой органикой. Понятно, что бактериальная ДНК отличается от ДНК той же лошади, но если бактериальной ДНК будет очень много, она всё равно затруднит работу.

В 1980-е годы лаборатории активно осваивали недавно открытую ПЦР, полимеразную цепную реакцию, и Паабо с Вильсоном не остались в стороне. Как мы знаем, ПЦР позволяет создать много копий ДНК. Если изначально ДНК в образце очень мало и с ней ничего нельзя сделать, то с помощью ПЦР её можно размножить, чтобы сделать её видимой для других методов. Тем не менее из ископаемых костей не всегда удавалось так выделить ДНК, чтобы её подхватили ферменты ПЦР. Паабо модифицировал процедуру выделения, чтобы ДНК как можно полнее вымывалась из костного порошка. А потом — уже после того, как он перебрался из Калифорнийского университета в Беркли в Университет Мюнхена (Германия), — ему с коллегами удалось разработать метод, с помощью которого можно было узнать, есть ли вообще в образце необходимое количество ДНК. Метод основан на анализе хиральных (зеркальных) изомеров некоторых аминокислот, которые тоже остаются в костях: в присутствии ДНК аминокислоты изомеризуются медленнее, чем без ДНК. По степени изомеризации можно понять, стоит ли рассчитывать на древнюю ДНК в конкретном образце.

Наконец, нужно было решить большую проблему, связанную с разрушением самой ДНК. Часто говорят, что ДНК — довольно прочная молекула, но это не значит, что она способна пролежать десятки тысяч лет без каких-либо изменений. ДНК окисляется, рвётся, распадаясь на фрагменты, в ней происходят «посмертные мутации»: генетическая буква Г (азотистое основание гуанин) превращается в А (аденин), а Ц (цитозин) — в У (урацил), урацил же при чтении последовательности ДНК будет прочтён как Т (тимин). Такие дефекты можно выявить, потому что ДНК в костных остатках сохраняется во множестве копий, а один и тот же дефект не может попасть сразу во все копии. Кроме того, у повреждений, связанных с посмертной деградацией, есть особые химические признаки, и происходят они по определённым правилам, так что исходную последовательность ДНК можно в том или ином виде восстановить. Но всё это, конечно, требует больших методических ухищрений.

ДНК неандертальцев

Статьи, в которых Паабо с коллегами описывали, как следует работать с доисторической ДНК, были опубликованы в конце 1980-х — первой половине 1990-х годов. Потренировавшись «на кошках» (то есть на плейстоценовых* лошадях, гигантских ленивцах и т. д.), Паабо взялся за людей, то есть за неандертальцев. Причём в качестве первого образца он взял кусочек кости из тех самых останков, которые ещё в XIX веке были найдены в долине Неандерталь. И начать решили не с ядерной ДНК, а с митохондриальной**. Ген в ядерной ДНК в каждой клетке есть только в двух копиях, митохондрий же в клетках много, и митохондриальная ДНК для анализа тоже будет во множестве копий. Разумеется, с неандертальскими образцами работали так, чтобы не загрязнить их современной ДНК; кроме того, такой же эксперимент попросили выполнить другую лабораторию — чтобы оценить надёжность полученных данных. Митохондриальную ДНК анализировали не всю, а только несколько сотен нуклеотидов. Их сравнили с аналогичными участками в митохондриальной ДНК шимпанзе и современных людей, и оказалось, что ДНК из неандертальских костей отличается как от обезьяньей, так и от ДНК современных H. sapiens, где бы они ни жили — в Европе ли, в Африке, в Азии. Отличия в ДНК, конечно, говорили кое-что новое об эволюции людей, но главное, что удалось показать, — это что ДНК в принципе можно выделить из очень, очень древних костей (возраст останков из долины Неандерталь составляет 40 тысяч лет).

* Плейстоцен — геологическая эпоха, начавшаяся 2,588 млн лет назад и закончившаяся 11,7 тысяч лет назад.

** Митохондриями называют клеточные органеллы клетки, которые окисляют питательные молекулы, добывая из них энергию для нужд клетки. У митохондрий есть своя ДНК, намного меньшая по размеру, чем «главная» геномная ДНК в ядре.

Реконструкция внешности мужчины-неандертальца.

На рубеже XX—XXI веков Паабо с коллегами и другие научные группы опубликовали несколько работ, в которых анализировали митохондриальную ДНК из неандертальских костей, найденных в разных местах, в том числе и в Мезмайской пещере в Краснодарском крае. При этом параллельно в научном мире шёл проект «Геном человека»: он начался в 1990 году, а к 2000 году был опубликован черновик генома. Паабо не мог не знать, какие методы чтения ДНК там используются и какие преимущества они дают, — с ними можно было попробовать проанализировать ядерную ДНК неандертальца. Проблема была в том, чтобы найти такие останки, в которых одновременно хватало бы неандертальской ДНК и которые были бы не слишком загрязнены ДНК современной. Среди более чем семидесяти костей и зубов нашлась одна подходящая кость из хорватской пещеры Виндижа — в её неандертальской ДНК к 2006 году удалось прочесть миллион букв. Правда, этот миллион всё равно был ощутимо загрязнён генетическими последовательностями современных людей, но всё же неандертальскую ДНК хоть как-то удалось прочесть. В дальнейших экспериментах усилили стерильность и начали тщательнее избавляться от ДНК бактерий; кроме того, удалось сильно повысить количество копий неандертальской ДНК — теперь одну и ту же последовательность можно было прочесть много раз для большей надёжности.

Реконструкция внешности женщины-неандерталки.

Черновик неандертальского генома был готов к 2010 году. Исследователи прочли четыре миллиарда генетических букв в ДНК из останков трёх неандертальцев, найденных в пещере Виндия. Прочитанные последовательности собирали в геном около пятидесяти специалистов. ДНК неандертальцев из Хорватии сравнивали с отдельными участками генома в ДНК неандертальцев из долины Неандерталь, Мезмайской пещеры и пещеры Эль-Сидрон в Испании. Хотя с ДНК работали в стерильных условиях, получившуюся последовательность дополнительно проверяли на современное загрязнение, сравнивая её с геномом нынешних людей. Некоторые участки генома были прочитаны по нескольку раз, и в них можно было быть более или менее уверенными, другие же были прочитаны мало или не прочитаны вовсе. Так или иначе, стало понятно, что анализ неандертальской геномной ДНК — это не какая-то фантастика, и исследователи принялись уточнять черновик генома, попутно сравнивая его с геномом современных людей. Вместе с неандертальским геномом на свет появилась новая научная дисциплина — палеогеномика.

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Путь на Олимп Путь на Олимп

Как возродилась древняя традиция Олимпийских игр

Вокруг света
4 модные вещи, которые не стоят твоих денег, — на что не нужно тратиться зимой 4 модные вещи, которые не стоят твоих денег, — на что не нужно тратиться зимой

Супертрендовые вещи, которые не стоят твоих денег

VOICE
Корея против Кореи Корея против Кореи

Эту войну называют «забытой». В Советском Союзе о ней мало писали и говорили

Дилетант
Выбираем переноску для собаки Выбираем переноску для собаки

Вес, порода и размер — как выбрать переноску для питомца?

Лиза
«В нужный момент в нужном месте» «В нужный момент в нужном месте»

Человек, который предотвратил ядерную катастрофу

Дилетант
Как развестись с мужем-нарциссом: 4 правила расставания — обязательно запомните их Как развестись с мужем-нарциссом: 4 правила расставания — обязательно запомните их

Развод с нарциссом — непростое испытание

Psychologies
Боевые сёстры братьев Кастро Боевые сёстры братьев Кастро

Кубинские женщины-революционерки прошли и партизанские отряды, и тюрьмы

Дилетант
Шика-шарма дай Шика-шарма дай

10 лайфхаков по обустройству дома, которые стоит перенять у французских хозяек

Лиза
Два герцога: Ришельё против Бэкингема Два герцога: Ришельё против Бэкингема

Противостояние Англии и Франции в XVII веке — это ещё и противостояние министров

Дилетант
Пароход и человек Пароход и человек

Пароходы — важнейшая страница в истории человечества

Y Magazine
Светить всегда? Светить везде? Светить всегда? Светить везде?

Как выбрать подсветку для рассады?

Наука и жизнь
Уик-энд в окрестностях Твери Уик-энд в окрестностях Твери

5 нетривиальных мест в окрестностях Твери

Лиза
Невидимые миру Невидимые миру

Жён советских лидеров часто называли «первыми леди СССР». Но это были лишь слова

Дилетант
Вот как антибиотики влияют на скелет подростка: лечение прыщей будет с последствиями Вот как антибиотики влияют на скелет подростка: лечение прыщей будет с последствиями

Лечение акне системными антибиотиками может сказаться на здоровье

ТехИнсайдер
Кровные узы: история про братьев и непрощенную обиду Кровные узы: история про братьев и непрощенную обиду

Как пережить обиду близкого человека?

Psychologies
Вечно немолодая: как рынок и потребители меняют свое отношение к менопаузе и старению Вечно немолодая: как рынок и потребители меняют свое отношение к менопаузе и старению

Как нормализация женского старения становится новым источником прибыли

Forbes
Что такое суперизвержение: всего один вулкан может вызвать катастрофу планетарного масштаба Что такое суперизвержение: всего один вулкан может вызвать катастрофу планетарного масштаба

Сверхизвержение вулканов может катастрофически повлиять на глобальный климат

ТехИнсайдер
20 признаков «односторонних» отношений: как выбраться из ловушки невзаимной любви 20 признаков «односторонних» отношений: как выбраться из ловушки невзаимной любви

Как выйти из односторонних отношений?

Psychologies
Вместе — скучно: что такое меланхолический брак и как оживить отношения Вместе — скучно: что такое меланхолический брак и как оживить отношения

Как спасти отношения, в которых партнеры не чувствуют себя живыми?

Psychologies
Менструальная кровь как маска для лица: польза или вред? Менструальная кровь как маска для лица: польза или вред?

Можно ли использовать менструальную кровь как косметологическое средство?

Psychologies
Центр вселенной Центр вселенной

Откуда берутся эгоисты и как с ними себя вести

Лиза
Билл Гейтс посоветовал 5 книг на новогодние праздники Билл Гейтс посоветовал 5 книг на новогодние праздники

Подборка книг от Билла Гейтса на новогодние каникулы.

Inc.
Насколько безопасно скачивать с торрентов? Насколько безопасно скачивать с торрентов?

Насколько можно доверять торрентам?

CHIP
Святыни буддизма: как музеи в Бурятии работают с религиозными артефактами Святыни буддизма: как музеи в Бурятии работают с религиозными артефактами

В чем актуальность ценностей, изъятых 100 лет назад из буддийских монастырей?

Forbes
О, беззаряженный! Тест-драйв электромобиля Evolute i-Pro О, беззаряженный! Тест-драйв электромобиля Evolute i-Pro

Приспособлена ли Evolute i-Pro к нашим условиям?

РБК
Запоры: почему и что делать? Запоры: почему и что делать?

Проблемы с кишечником: как с ними справиться?

Здоровье
«Пора заводить собаку!»: что нужно знать до появления питомца — взвесьте за и против «Пора заводить собаку!»: что нужно знать до появления питомца — взвесьте за и против

Как понять, что пора завести щенка? И когда этого делать категорически не нужно?

Psychologies
Почему акула выплевывает свой желудок и не умирает? Почему акула выплевывает свой желудок и не умирает?

Когда акулы подвергаются стрессу, они иногда «выплевывают» желудок

ТехИнсайдер
Секс снится мужчинам чаще, чем женщинам: и еще 6 неожиданных фактов о сне Секс снится мужчинам чаще, чем женщинам: и еще 6 неожиданных фактов о сне

Что вы знаете о сне как таковом?

ТехИнсайдер
Гид для мясоеда Гид для мясоеда

Как выбрать свежий и качественный фарш?

Лиза
Открыть в приложении