Метод, позволяющий расшифровать транскриптом отдельных клеток, не убивая их

N+1Наука

У живой клетки взяли половину цитоплазмы и секвенировали ее транскриптом

Сергей Задворьев

Спустя шесть часов после биопсии цитоплазмы клетка восстановила свой объем и разделилась. Рисунок из обсуждаемой статьи. Wanze Chen et al. / Nature, 2022

Швейцарские ученые предложили и отработали метод, позволяющий расшифровать транскриптом отдельных клеток, не убивая их. Для этого они проводили биопсию цитоплазмы и секвенировали полученный генетический материал. Ученые использовали эту методику для того, чтобы разделить разные типы морфологически схожих клеток и описать изменение экспрессии множества генов в ответ на кратковременную или продолжительную стимуляцию. Статья опубликована в Nature.

Исследование экспрессии генов критически важно для понимания принципов их функционирования. Один из способов, позволяющих оценить экспрессию многих генов единовременно — методика секвенирования РНК одной клетки (scРНК-секвенирвание). Технология была отработана уже ко второй половине двухтысячных годов, а в 2013 году Nature Methodsпризнал секвенирование одной клетки методом года. Порог чувствительности современных технологий позволяет секвенировать транскриптом отдельной клетки, оперируя лишь пикограммовыми количествами нуклеиновой кислоты, а доступные сегодня методы высокопроизводительного секвенирования (NGS) позволяют делать это с высокой точностью и за относительно небольшое время.

Проблема в том, что секвенированию должно предшествовать выделение нуклеиновой кислоты из биоматериала. Поскольку стандартная технология выделения нуклеиновых кислот подразумевает разрушение (лизис) клеток, то при таком подходе невозможно оценивать экспрессию генов в одной клетке на протяжении времени.

Биотехнологи из Швейцарского федерального института технологии в Лозанне под руководством Барта Депланке (Bart Deplancke) применили оригинальный подход к выделению РНК из клеток и секвенированию РНК одной клетки. Вместо лизиса они предложили выполнять биопсию цитоплазмы интересующих клеток. Саму технологию выделения РНК из цитоплазмы коллектив описал еще в 2016 году, но только сейчас ее отработали для применения в реальном эксперименте для описания транскриптома живых клеток. Доработанный метод получил название Live-seq.

Методика состоит из нескольких этапов. Сначала с помощью разработанного в этой лаборатории зонда с внутренним диаметром канала 800 нанометров забирали часть цитоплазмы (0,7–3,5 пиколитра, то есть, в зависимости от клеточной культуры, 40–70 процентов общего объема цитоплазмы клетки) под контролем световой микроскопии. По заявлению авторского коллектива статьи, на подготовку и выполнение биопсии у опытного оператора уходит около 15 минут. Выживаемость клеток после процедуры составила 85–88 процентов, и клетки восстанавливали свой объем за 100-320 минут. 294 биопсии из проведенной 641 оказались успешными. По расчетам исследователей, выход

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Противовирусные не принесли значимой пользы при амбулаторном лечении гриппа Противовирусные не принесли значимой пользы при амбулаторном лечении гриппа

Противовирусная терапия не влияет на смертность при нетяжелом течении гриппа

N+1
6 крутых функций Telegram, о которых вы могли не знать 6 крутых функций Telegram, о которых вы могли не знать

Некоторые малоизвестные функции мессенджера Telegram могут вас удивить

ТехИнсайдер
Теория крохотных черных дыр Стивена Хокинга, нашла подтверждение на дне моря Теория крохотных черных дыр Стивена Хокинга, нашла подтверждение на дне моря

Ученые, кажется, нашли крошечную черную дыру, о которой писал Стивен Хокинг

ТехИнсайдер
Скоро осень: как спасти дачные растения от предстоящих заморозков Скоро осень: как спасти дачные растения от предстоящих заморозков

Готовим растения к осеннему сезону

ТехИнсайдер
Больше президенток и законов о насилии: 10 важных достижений феминисток в XXI веке Больше президенток и законов о насилии: 10 важных достижений феминисток в XXI веке

Главные достижения феминисток за последние 25 лет

Forbes
Убийцы Барби и Кен: как молодые супруги стали главными маньяками Канады Убийцы Барби и Кен: как молодые супруги стали главными маньяками Канады

Они годами вселяли страх в молодых женщин и девочек пригорода Торонто

VOICE
Психология симулянтов: что заставляет людей притворяться тяжелобольными? Психология симулянтов: что заставляет людей притворяться тяжелобольными?

Суд по делу Бланчард привлек внимание общества к теме симулятивных расстройств

Psychologies
Мозг, экология и путешествия сквозь века: лучшие познавательные книги для детей Мозг, экология и путешествия сквозь века: лучшие познавательные книги для детей

Подборка увлекательных детских научно-популярных книг

ТехИнсайдер
De feminis: отрывок из новой книги Владимира Сорокина, которую он посвятил женщинам De feminis: отрывок из новой книги Владимира Сорокина, которую он посвятил женщинам

Отрывок из сборника рассказов Владимира Сорокина De feminis — «О женщинах»

Forbes
«Баба-Яга в каком-то смысле феминистка»: что русские сказки говорят нам о женщинах «Баба-Яга в каком-то смысле феминистка»: что русские сказки говорят нам о женщинах

Варвара Добровольская — о переосмыслении русских сказок

Forbes
Протесты, допинг и бункер в гараже: 10 документальных фильмов о современной России Протесты, допинг и бункер в гараже: 10 документальных фильмов о современной России

Самые острые и важные документальные фильмы о России последнего времени

Forbes
Генетики нашли сходство в ДНК у неродственных двойников Генетики нашли сходство в ДНК у неродственных двойников

Так ли похожи неродственные двойники?

N+1
Больше энергии и меньше тревоги: откуда брать витамин В12? Больше энергии и меньше тревоги: откуда брать витамин В12?

Важно не забывать включать в свой рацион пищу богатую витамином В12

ТехИнсайдер
5 продуктов, которые можно есть перед сном, если вы хотите похудеть 5 продуктов, которые можно есть перед сном, если вы хотите похудеть

Чтобы сбросить лишний вес, есть на ночь не только можно, но и нужно!

ТехИнсайдер
«За Горбачева»: как создавалась скандальная реклама пиццы Pizza Hut с Михаилом Горбачевым «За Горбачева»: как создавалась скандальная реклама пиццы Pizza Hut с Михаилом Горбачевым

Почему бывший советский лидер согласился стать лицом сети ресторанов пиццы

Правила жизни
В Казахстане раскопали погребения восьми мужчин-воинов и женщины-жрицы эпохи ранних кочевников В Казахстане раскопали погребения восьми мужчин-воинов и женщины-жрицы эпохи ранних кочевников

Эти номады умерли в конце VI – начале V века до нашей эры

N+1
Как воспитать в ребенке внутреннюю свободу — советы Димы Зицера Как воспитать в ребенке внутреннюю свободу — советы Димы Зицера

Что делать, если у ребенка конфликт с учителем?

СНОБ
Что такое настоящая любовь к женщине: смешная и мудрая цитата Романа Карцева Что такое настоящая любовь к женщине: смешная и мудрая цитата Романа Карцева

Монологи Романа Карцева смешат нас до сих пор

VOICE
Как жить с карьеристом? Как жить с карьеристом?

Ваша «половина» слишком увлечена работой?

Psychologies
Призрачный успех: почему российскому бизнесу сложно покорить китайский рынок Призрачный успех: почему российскому бизнесу сложно покорить китайский рынок

Как оценивать потенциально новый рынок Китая?

Forbes
Репрессии, геноцид, войны: 20 фильмов о коллективной травме и катастрофах прошлого Репрессии, геноцид, войны: 20 фильмов о коллективной травме и катастрофах прошлого

Фильмы об исторических катастрофах и о попытках осмыслить природу зла

Forbes
Город засыпает, но спят не все: как отели справляются с теневой жизнью своих постояльцев (и есть ли тут место морали) Город засыпает, но спят не все: как отели справляются с теневой жизнью своих постояльцев (и есть ли тут место морали)

Как персонал гостиниц справляется с тайными (и не очень) желаниями гостей

Правила жизни
Инсулиновая помпа восстановила структуру мозга у подростков-диабетиков Инсулиновая помпа восстановила структуру мозга у подростков-диабетиков

Как разные способы введения инсулина влияют на мозг подростков с диабетом

N+1
«Боец музыкального фронта» «Боец музыкального фронта»

Жавдет Айдаров навсегда остался настоящим ленинградцем

Дилетант
Не просто выбросить, а заработать Не просто выбросить, а заработать

5 выгодных способов избавиться от старой техники

Лиза
«Когда ты говоришь правду — ты неуязвим» «Когда ты говоришь правду — ты неуязвим»

В жизни Агаты Муцениеце неожиданные повороты идут один за другим

OK!
5 математических трюков, которые помогут решить любую задачу за секунды 5 математических трюков, которые помогут решить любую задачу за секунды

Простые трюки могут облегчить решение любых повседневных математических задач

ТехИнсайдер
Ксения Хаирова о Валентине Талызиной. Наша династия Ксения Хаирова о Валентине Талызиной. Наша династия

У нас дома было настоящее бабье царство. Три поколения в одной квартире

Коллекция. Караван историй
Просыпаюсь, как итальянка: что делают южные модницы, чтобы выглядеть богинями при минимальных затратах Просыпаюсь, как итальянка: что делают южные модницы, чтобы выглядеть богинями при минимальных затратах

Как, ну как итальянские блогеры выглядят так роскошно с самого утра?

VOICE
Как завести автомобиль, у которого сел аккумулятор Как завести автомобиль, у которого сел аккумулятор

Как безопасно завести машину с севшим аккумулятором?

ТехИнсайдер
Открыть в приложении