Метод, позволяющий расшифровать транскриптом отдельных клеток, не убивая их

N+1Наука

У живой клетки взяли половину цитоплазмы и секвенировали ее транскриптом

Сергей Задворьев

Спустя шесть часов после биопсии цитоплазмы клетка восстановила свой объем и разделилась. Рисунок из обсуждаемой статьи. Wanze Chen et al. / Nature, 2022

Швейцарские ученые предложили и отработали метод, позволяющий расшифровать транскриптом отдельных клеток, не убивая их. Для этого они проводили биопсию цитоплазмы и секвенировали полученный генетический материал. Ученые использовали эту методику для того, чтобы разделить разные типы морфологически схожих клеток и описать изменение экспрессии множества генов в ответ на кратковременную или продолжительную стимуляцию. Статья опубликована в Nature.

Исследование экспрессии генов критически важно для понимания принципов их функционирования. Один из способов, позволяющих оценить экспрессию многих генов единовременно — методика секвенирования РНК одной клетки (scРНК-секвенирвание). Технология была отработана уже ко второй половине двухтысячных годов, а в 2013 году Nature Methodsпризнал секвенирование одной клетки методом года. Порог чувствительности современных технологий позволяет секвенировать транскриптом отдельной клетки, оперируя лишь пикограммовыми количествами нуклеиновой кислоты, а доступные сегодня методы высокопроизводительного секвенирования (NGS) позволяют делать это с высокой точностью и за относительно небольшое время.

Проблема в том, что секвенированию должно предшествовать выделение нуклеиновой кислоты из биоматериала. Поскольку стандартная технология выделения нуклеиновых кислот подразумевает разрушение (лизис) клеток, то при таком подходе невозможно оценивать экспрессию генов в одной клетке на протяжении времени.

Биотехнологи из Швейцарского федерального института технологии в Лозанне под руководством Барта Депланке (Bart Deplancke) применили оригинальный подход к выделению РНК из клеток и секвенированию РНК одной клетки. Вместо лизиса они предложили выполнять биопсию цитоплазмы интересующих клеток. Саму технологию выделения РНК из цитоплазмы коллектив описал еще в 2016 году, но только сейчас ее отработали для применения в реальном эксперименте для описания транскриптома живых клеток. Доработанный метод получил название Live-seq.

Методика состоит из нескольких этапов. Сначала с помощью разработанного в этой лаборатории зонда с внутренним диаметром канала 800 нанометров забирали часть цитоплазмы (0,7–3,5 пиколитра, то есть, в зависимости от клеточной культуры, 40–70 процентов общего объема цитоплазмы клетки) под контролем световой микроскопии. По заявлению авторского коллектива статьи, на подготовку и выполнение биопсии у опытного оператора уходит около 15 минут. Выживаемость клеток после процедуры составила 85–88 процентов, и клетки восстанавливали свой объем за 100-320 минут. 294 биопсии из проведенной 641 оказались успешными. По расчетам исследователей, выход

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Клопы использовали химическую сигнализацию пчел для охоты на них самих Клопы использовали химическую сигнализацию пчел для охоты на них самих

Клопы-хищнецы научились обманывать жертв, заманивая их в ловушку

N+1
Только не голосовое: 5 золотых правил «цифрового» этикета Только не голосовое: 5 золотых правил «цифрового» этикета

Как общаться в мессенджерах, чтобы не прослыть навязчивым занудой

Psychologies
«Гипотеза белых дыр» «Гипотеза белых дыр»

Почему снаружи белая дыра не отличается от черной

N+1
Григорий Распутин. Грешный старец у трона Российской империи Григорий Распутин. Грешный старец у трона Российской империи

Почему "грязный деревенский мужик" получил такую неограниченную власть

Караван историй
Сохраняйте спокойствие Сохраняйте спокойствие

Спокойствие — мощный способ достижения успеха в жизни

kiozk originals
Почему легкие свистят и стоит ли переживать по этому поводу? Почему легкие свистят и стоит ли переживать по этому поводу?

Свистящее дыхание — обычное явление, с которым сталкивается большинство из нас

ТехИнсайдер
Как завести автомобиль, у которого сел аккумулятор Как завести автомобиль, у которого сел аккумулятор

Как безопасно завести машину с севшим аккумулятором?

ТехИнсайдер
Физики реализовали оптическое стохастическое охлаждение пучков частиц Физики реализовали оптическое стохастическое охлаждение пучков частиц

Физикам удалось реализовать оптическое стохастическое охлаждение пучков частиц

N+1
Призрачный успех: почему российскому бизнесу сложно покорить китайский рынок Призрачный успех: почему российскому бизнесу сложно покорить китайский рынок

Как оценивать потенциально новый рынок Китая?

Forbes
Бескровная дуэль, катание на костях и другие забытые виды спорта: отрывок из книги Бескровная дуэль, катание на костях и другие забытые виды спорта: отрывок из книги

Отрывок из книги Эдварда Брука-Хитчинга — о том, как наши предки проводили досуг

СНОБ
Электрон попал внутрь полости октафторкубана Электрон попал внутрь полости октафторкубана

Химики из Японии впервые синтезировали полностью фторированный аналог кубана

N+1
Мама, не грусти Мама, не грусти

Мамы проходят испытание послеродовой депрессией, даже не подозревая об этом

Лиза
Как отпустить человека, которого любишь: 4 шага Как отпустить человека, которого любишь: 4 шага

Как отпустить любовь и сохранить себя

Psychologies
Впервые на русском — роман Джойс Кэрол Оутс «Ночь, сон, смерть и звезды» Впервые на русском — роман Джойс Кэрол Оутс «Ночь, сон, смерть и звезды»

Отрывок из новой семейной саги современного классика Джойс Кэрол Оутс

СНОБ
Мягкая сила. Как управлять бизнесом в новой реальности: правила первого зампреда правления Росбанка Перизат Шайхиной Мягкая сила. Как управлять бизнесом в новой реальности: правила первого зампреда правления Росбанка Перизат Шайхиной

Как замотивировать сотрудников, не прибегая к авторитарным мерам

Правила жизни
Как перестать лениться и начать действовать: советы писателя Эрика Баркера Как перестать лениться и начать действовать: советы писателя Эрика Баркера

Как начать работать и довести дело до конца?

Правила жизни
Беги быстрее: как спорт превратился в социальный лифт и почему он не всегда работает Беги быстрее: как спорт превратился в социальный лифт и почему он не всегда работает

Почему в большом спорте одни добиваются успеха, а другие уносят с собой травмы

Forbes
Кино как улика Кино как улика

Как одна телевизионная трилогия спасла троих невинно осужденных

Weekend
Почему короли и императоры веками вступали в близкородственные браки? Почему короли и императоры веками вступали в близкородственные браки?

Корона, кольцо, ваш двоюродный брат — что еще нужно для королевской свадьбы?

ТехИнсайдер
Эмили Ратаковски, Шакира и другие роскошные женщины, которым изменили мужья Эмили Ратаковски, Шакира и другие роскошные женщины, которым изменили мужья

Даже звезды порой сталкиваются с циничным обманом

VOICE
«Когда ты говоришь правду — ты неуязвим» «Когда ты говоришь правду — ты неуязвим»

В жизни Агаты Муцениеце неожиданные повороты идут один за другим

OK!
Смех делает нас умнее: 5 причин улыбнуться прямо сейчас Смех делает нас умнее: 5 причин улыбнуться прямо сейчас

Как смех облегчает нашу жизнь?

Psychologies
Прямые траектории миграции мертвых голов указали на наличие внутреннего компаса Прямые траектории миграции мертвых голов указали на наличие внутреннего компаса

Вероятно, бражники ориентируются по ландшафту и магнитному полю Земли

N+1
«Вещная жизнь: материальность позднего социализма». «Вещная жизнь: материальность позднего социализма».

Отрывок из книги «Вещная жизнь» — о том, как железо в СССР было связано с силой

N+1
Знай свою норму: от чего зависит, как быстро ты пьянеешь и как плохо тебе будет наутро? Знай свою норму: от чего зависит, как быстро ты пьянеешь и как плохо тебе будет наутро?

Почему некоторых развозит сразу, а кто-то вдруг перепьет здоровых мужиков

Maxim
В пищевых добавках обнаружили избыток вещества, составляющего основу для лекарства от болезни Паркинсона В пищевых добавках обнаружили избыток вещества, составляющего основу для лекарства от болезни Паркинсона

Пищевые добавки могут содержать необычайно высокие уровни молекулы леводопа

ТехИнсайдер
Бессмертие ей к лицу: почему после Бессмертие ей к лицу: почему после

Почему рухнула карьера Эшли Грин?

VOICE
Атмосфера 90-х и озеро-море: как москвичка отдохнула в санатории на Иссык-Куле за 250 тысяч рублей Атмосфера 90-х и озеро-море: как москвичка отдохнула в санатории на Иссык-Куле за 250 тысяч рублей

Отзыв о двухнедельном путешествии по Кыргызстану

Вокруг света
Первые встречи людей и неандертальцев не были мирными. Древняя оружейная мастерская в Румынии Первые встречи людей и неандертальцев не были мирными. Древняя оружейная мастерская в Румынии

Археологи исследуют в западной Румынии древнюю стоянку Homo Sapiens

ТехИнсайдер
Инстаграмное место: как соцсети изменили представления об идеальном пространстве Инстаграмное место: как соцсети изменили представления об идеальном пространстве

Отрывок из книги «Формула грез» — почему минимализм превратился в эстетику

Forbes
Открыть в приложении