Российские ученые разработали алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания

N+1Наука

Аллели регуляторных областей ДНК повлияли на поведение транскрипционных факторов

Вера Мухина

Abramov et al. / Nature Communications 2021

Российские ученые разработали аккуратный алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания транскрипционных факторов и собрали самую большую в мире базу таких событий. Случаев, когда замена в регуляторном участке ДНК оказалась важна для управляющих транскрипцией белков, оказалось порядочно — около полумиллиона, и для многих независимо показана клиническая важность. Работа опубликована в журнале Nature Communications.

Активность работы ДНК — сколько белка будет производиться с того или иного участка и при каких условиях — зашита в ней самой. Помимо кодирующих белки генов там есть и регуляторные участки, — посадочные площадки для соответствующих управляющих белков, называемых факторами транскрипции. Приземление на площадку такого белка меняет активность подшефного гена или даже группы генов. Для исследования комплексов белок:площадка существует технология ChIP-Seq, она позволяет создать карту посадочных площадок, оценить активность их использования или сравнить например работу белка-фактора транскрипции у больных и здоровых.

Как и у белок-кодирующих генов у регуляторных последовательностей ДНК есть свои варианты-аллели. Отличие всего на одну-две буквы-нуклеотида может кардинально изменить способность белка узнавать эту площадку и садиться на нее, и это влечет за собой изменение активности генов. На практике большой коллекции таких событий нет, и изучают их не очень активно из-за сложностей обработки данных. Посчитать на основании эксперимента ChIP-Seq соотношение белков, выбравших первый или второй вариант вариант площадки довольно легко, но дальше начинаются проблемы. В клеточных линиях например — обычном материале для экспериментов — может быть нарушена плоидность. Вместо

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

«Болезни Империи. Как пытки рабов и зверства во время войн изменили медицину» «Болезни Империи. Как пытки рабов и зверства во время войн изменили медицину»

Почему во время Крымской войны большинство солдат погибало в госпиталях

N+1
Личные драмы звезд фильма «Ночной дозор»: Жанны Фриске, Хабенского и других Личные драмы звезд фильма «Ночной дозор»: Жанны Фриске, Хабенского и других

Какие события произошли в жизни звезд «Ночного дозора» после премьеры фильма?

Cosmopolitan
В древнем левантийском поселении изготавливали пурпур на протяжении 500 лет В древнем левантийском поселении изготавливали пурпур на протяжении 500 лет

В Тель-Шикмоне примерно 500 лет находился крупный центр по производству пурпура

N+1
Смертельные мечты: почему школьные стрелки берутся за оружие Смертельные мечты: почему школьные стрелки берутся за оружие

Что становится причиной скулшутинга и существуют ли способы его предотвратить?

Cosmopolitan
Как быстро возбудить девушку: 12 способов (гид, который стоит держать под рукой) Как быстро возбудить девушку: 12 способов (гид, который стоит держать под рукой)

Не знаете, как быстро возбудить девушку до предела? Вы по адресу!

Playboy
Архитектура для чайников Архитектура для чайников

Глядя на эти дома, можно ощутить себя Гулливером, оказавшимся в стране великанов

Вокруг света
Ядерный эксперимент из Ярославля: как группа Cream Soda переизобрела российскую поп-музыку и попала в список Forbes Ядерный эксперимент из Ярославля: как группа Cream Soda переизобрела российскую поп-музыку и попала в список Forbes

Как Cream Soda прошла путь от андеграунда до яркого поп-коллективова России?

Forbes
Ожидание и реальность: как машины выглядели на скетчах и что получилось Ожидание и реальность: как машины выглядели на скетчах и что получилось

Часто серийные машины сильно отличаются от дизайнерских рисунков

РБК
Танец маленьких людей Танец маленьких людей

О новом фильме Александра Миндадзе – «Паркет»

Weekend
Размер имеет значение: как выбирать одежду, чтобы полюбить свое отражение Размер имеет значение: как выбирать одежду, чтобы полюбить свое отражение

Самые типичные ошибки девушек в примерочной

Cosmopolitan
16 фильмов до 90 минут — для тех, кто очень занят 16 фильмов до 90 минут — для тех, кто очень занят

Подборка коротких фильмов до 90 минут, доступных на Netflix

Esquire
Заголовок: Лина Миримская. Не как все Заголовок: Лина Миримская. Не как все

Актриса Лина Миримская о внутренней природе на съемках

Коллекция. Караван историй
История бизнеса, который начался с забавы История бизнеса, который начался с забавы

Как маленький волгоградский бренд вышел на федеральный уровень

Домашний Очаг
Инструкция по осознанной практике: как стать лучшим Инструкция по осознанной практике: как стать лучшим

Все, что вам нужно знать, чтобы улучшить свои результаты в любом деле

VC.RU
Обмену не подлежит? Обмену не подлежит?

Может ли косметика переставать действовать?

Лиза
Оставьте на месте: аппендицит можно лечить без операции Оставьте на месте: аппендицит можно лечить без операции

Аппендикс на самом деле вовсе не бесполезный отросток

Cosmopolitan
Уехать, чтобы вернуться к себе Уехать, чтобы вернуться к себе

Почему из отпуска мы часто возвращаемся разочарованными и усталыми?

Psychologies
Ушел из жизни основатель «сурового стиля»: знаковые работы Таира Салахова Ушел из жизни основатель «сурового стиля»: знаковые работы Таира Салахова

Каким запомнится Таир Салахов?

Forbes
«Не продавай свою душу дешево»: чему учит стоицизм, по которому сходит с ума Кремниевая долина «Не продавай свою душу дешево»: чему учит стоицизм, по которому сходит с ума Кремниевая долина

Идеи античных философов стали невероятно популярными среди предпринимателей

Forbes
Классная любовь: звезды, которые познакомились в школе, а потом поженились Классная любовь: звезды, которые познакомились в школе, а потом поженились

Эд Ширан, Снуп Догг и другие звезды, встретившие свою любовь в школе

Cosmopolitan
Не та профессия: почему девочки не идут в IT, STEM и другие важные сферы Не та профессия: почему девочки не идут в IT, STEM и другие важные сферы

Как помочь сегодняшним девочкам стать увереннее в себе завтра

Forbes
Артисты фестиваля Esquire Weekend: «Лованда» — семейный дуэт из Екатеринбурга, который играет бодрый фанк с элементами хип-хопа Артисты фестиваля Esquire Weekend: «Лованда» — семейный дуэт из Екатеринбурга, который играет бодрый фанк с элементами хип-хопа

Группа "Лованда" играет бодрый поп и фанк

Esquire
Лёгкое дыхание Лёгкое дыхание

Интерьер, оформленный на стыке минимализма и экостиля

Идеи Вашего Дома
10 самых дорогих современных художников России 10 самых дорогих современных художников России

Самые дорогие работы современных российских художников

РБК
5 признаков людей с высоким эмоциональным интеллектом 5 признаков людей с высоким эмоциональным интеллектом

Как сделать так, чтобы эмоции работали на нас

Psychologies
Химики напечатали перерабатываемый транзистор на бумажной подложке Химики напечатали перерабатываемый транзистор на бумажной подложке

Части перерабатываемого транзистора можно растворить и использовать снова

N+1
Ярмарка на Стрелке Ярмарка на Стрелке

В короткий срок Нижегородская ярмарка превратилась в ведущую торговую площадку

Дилетант
Казацкая люлька Тараса Бульбы Казацкая люлька Тараса Бульбы

Какие у казаков бывали курительные трубки и из чего делались

Дилетант
Шотландские раки-отшельники предпочли черные и красные раковины белым и желтым Шотландские раки-отшельники предпочли черные и красные раковины белым и желтым

При выборе раковин эти беспозвоночные ориентируется и на их окраску

N+1
Инна Маликова: «Для меня существует одна диета – не переедать» Инна Маликова: «Для меня существует одна диета – не переедать»

Инна Маликова откровенно рассказала о том, что позволяет ей сохранять фигуру

Худеем правильно
Открыть в приложении