Российские ученые разработали алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания

N+1Наука

Аллели регуляторных областей ДНК повлияли на поведение транскрипционных факторов

Вера Мухина

Abramov et al. / Nature Communications 2021

Российские ученые разработали аккуратный алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания транскрипционных факторов и собрали самую большую в мире базу таких событий. Случаев, когда замена в регуляторном участке ДНК оказалась важна для управляющих транскрипцией белков, оказалось порядочно — около полумиллиона, и для многих независимо показана клиническая важность. Работа опубликована в журнале Nature Communications.

Активность работы ДНК — сколько белка будет производиться с того или иного участка и при каких условиях — зашита в ней самой. Помимо кодирующих белки генов там есть и регуляторные участки, — посадочные площадки для соответствующих управляющих белков, называемых факторами транскрипции. Приземление на площадку такого белка меняет активность подшефного гена или даже группы генов. Для исследования комплексов белок:площадка существует технология ChIP-Seq, она позволяет создать карту посадочных площадок, оценить активность их использования или сравнить например работу белка-фактора транскрипции у больных и здоровых.

Как и у белок-кодирующих генов у регуляторных последовательностей ДНК есть свои варианты-аллели. Отличие всего на одну-две буквы-нуклеотида может кардинально изменить способность белка узнавать эту площадку и садиться на нее, и это влечет за собой изменение активности генов. На практике большой коллекции таких событий нет, и изучают их не очень активно из-за сложностей обработки данных. Посчитать на основании эксперимента ChIP-Seq соотношение белков, выбравших первый или второй вариант вариант площадки довольно легко, но дальше начинаются проблемы. В клеточных линиях например — обычном материале для экспериментов — может быть нарушена плоидность. Вместо

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Ядерная война приведет к потере 80 процентов урожая кукурузы Ядерная война приведет к потере 80 процентов урожая кукурузы

Ядерная война уронит годовое производство кукурузы на планете на 80 процентов

N+1
30 до 30. Социальные практики 30 до 30. Социальные практики

Список Forbes молодых и перспективных россиян. Социальные практики

Forbes
Как работает Межвселенский насос – удивительный источник энергии, придуманный Айзеком Азимовым Как работает Межвселенский насос – удивительный источник энергии, придуманный Айзеком Азимовым

Как работает насос между вселенными и как Азимов изобрел его

ТехИнсайдер
Графика урбанизма Графика урбанизма

Квартира, в которой пейзажи за окном — часть интерьерного сценария

Идеи Вашего Дома
Мы выбираем друг друга не случайно Мы выбираем друг друга не случайно

Выбор партнера предопределен всем предшествующим ходом нашей жизни

Psychologies
8 «секретных» функций WhatsApp, которыми пора начать пользоваться 8 «секретных» функций WhatsApp, которыми пора начать пользоваться

Используй мессенджер по максимуму

Playboy
Вкус цвета и аромата Вкус цвета и аромата

Гастроботаника — отличный пример сочетания теории и практики

Bones
10 невероятных фактов о ленивцах 10 невероятных фактов о ленивцах

Ленивцы называются ленивцами не просто так

Популярная механика
Натягиваем струны пока не лопнут: как построить уникальный концертный зал Натягиваем струны пока не лопнут: как построить уникальный концертный зал

Сверхсовременного концертный зал, основанный на принципах струнных инструментов

Популярная механика
Правила жизни Тима Рота Правила жизни Тима Рота

Правила жизни британского актера Тима Рота

Esquire
Сбер разработал беспилотный автомобиль без руля и педалей Сбер разработал беспилотный автомобиль без руля и педалей

Беспилотный автомобиль от Сбера построен на собственной электрической платформе

N+1
Любимая стрекоза Сталина: трагическая судьба балерины Ольги Лепешинской Любимая стрекоза Сталина: трагическая судьба балерины Ольги Лепешинской

Судьба знаменитой балерины Ольги Лепешинской полна разными событиями

Cosmopolitan
Как удалить аккаунт в ВК с телефона или ПК Как удалить аккаунт в ВК с телефона или ПК

Как временно удалить аккаунт в ВК или избавиться от страницы навсегда

CHIP
Слезы во благо: почему плакать необходимо Слезы во благо: почему плакать необходимо

И как улучшится наша жизнь, мы будем позволять себе такую «слабость», как слезы?

Psychologies
Битва при Карансебеше. Австрийская трагикомедия Битва при Карансебеше. Австрийская трагикомедия

Иосиф II так спешил разбить османов, что в итоге разбил свою собственную армию

Дилетант
Тактика обмана Тактика обмана

Оптические иллюзии. Как мы понимаем, на что смотрим

Вокруг света
«Психотерапевт — это человек вне морали и этики» «Психотерапевт — это человек вне морали и этики»

Психотерапевт Наталья Бехтерева продолжает исследовать душу в 5-м поколении

Собака.ru
Защитить свои границы и ни с кем не поссориться: возможно ли это? Защитить свои границы и ни с кем не поссориться: возможно ли это?

Как избежать пустых конфликтов, защищая свои границы?

Psychologies
Плохая, плохая мать: как мы на самом деле относимся к молодым матерям Плохая, плохая мать: как мы на самом деле относимся к молодым матерям

Пугающе точное отражение того, что приходится переживать молодым матерям

Cosmopolitan
Смерть после помолвки и истерика перед свадьбой: личные драмы Кейт Миддлтон Смерть после помолвки и истерика перед свадьбой: личные драмы Кейт Миддлтон

Герцогиня Кембриджская столкнулась с несколькими тяжелыми моментами

Cosmopolitan
9 способов оставаться активными для тех, кто не любит спорт 9 способов оставаться активными для тех, кто не любит спорт

Если вы не любите ходить на спорт, то спорт может прийти к вам

Psychologies
Букет возможностей Букет возможностей

Использование трав и цветов в приготовлении еды — тренд в кулинарии не новый

Bones
Гибель матери, развод с режиссером и другие личные драмы Дарьи Мороз Гибель матери, развод с режиссером и другие личные драмы Дарьи Мороз

Дарье Мороз удалось пережить тяжелейшие потрясения

Cosmopolitan
Боль в животе и высокий сахар: признаки опасного рака, которые нельзя пропустить Боль в животе и высокий сахар: признаки опасного рака, которые нельзя пропустить

Симптомы рака поджелудочной железы

Cosmopolitan
Какими были правила дорожного движения в дореволюционной России? Какими были правила дорожного движения в дореволюционной России?

Универсальную и всеобщую систему ПДД в России внедрили только в советское время

Культура.РФ
Как сделать фотостудию дома и что для этого нужно Как сделать фотостудию дома и что для этого нужно

Фотостудию можно оборудовать и своими силами в домашних условиях

CHIP
5 позорных ошибок при обращении с женщиной 5 позорных ошибок при обращении с женщиной

Правила этикета, которые помогут тебе открыть двери, ведущие в женскую душу

Maxim
Минус 20 и больше: Степаненко, Лолита и другие звезды раскрыли секреты похудения Минус 20 и больше: Степаненко, Лолита и другие звезды раскрыли секреты похудения

Известные артистки, которые смогли взять себя в руки и прийти в роскошную форму

Cosmopolitan
Адам Мицкевич Адам Мицкевич

Поэт Адам Мицкевич глазами Дмитрия Быкова

Дилетант
Преображения поп-звезд: как выглядят солистки группы «Пропаганда» Преображения поп-звезд: как выглядят солистки группы «Пропаганда»

Как изменилась жизнь Виктории Ворониной и других певиц «Пропаганды»

Cosmopolitan
Открыть в приложении