Российские ученые разработали алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания

N+1Наука

Аллели регуляторных областей ДНК повлияли на поведение транскрипционных факторов

Вера Мухина

Abramov et al. / Nature Communications 2021

Российские ученые разработали аккуратный алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания транскрипционных факторов и собрали самую большую в мире базу таких событий. Случаев, когда замена в регуляторном участке ДНК оказалась важна для управляющих транскрипцией белков, оказалось порядочно — около полумиллиона, и для многих независимо показана клиническая важность. Работа опубликована в журнале Nature Communications.

Активность работы ДНК — сколько белка будет производиться с того или иного участка и при каких условиях — зашита в ней самой. Помимо кодирующих белки генов там есть и регуляторные участки, — посадочные площадки для соответствующих управляющих белков, называемых факторами транскрипции. Приземление на площадку такого белка меняет активность подшефного гена или даже группы генов. Для исследования комплексов белок:площадка существует технология ChIP-Seq, она позволяет создать карту посадочных площадок, оценить активность их использования или сравнить например работу белка-фактора транскрипции у больных и здоровых.

Как и у белок-кодирующих генов у регуляторных последовательностей ДНК есть свои варианты-аллели. Отличие всего на одну-две буквы-нуклеотида может кардинально изменить способность белка узнавать эту площадку и садиться на нее, и это влечет за собой изменение активности генов. На практике большой коллекции таких событий нет, и изучают их не очень активно из-за сложностей обработки данных. Посчитать на основании эксперимента ChIP-Seq соотношение белков, выбравших первый или второй вариант вариант площадки довольно легко, но дальше начинаются проблемы. В клеточных линиях например — обычном материале для экспериментов — может быть нарушена плоидность. Вместо

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Древняя ДНК указала на обмен генами между охотниками-собирателями Северной Африки и Европы Древняя ДНК указала на обмен генами между охотниками-собирателями Северной Африки и Европы

Население Восточного Магриба сохраняло преемственность от охотников-собирателей

N+1
Чтобы такого съесть, чтобы похудеть Чтобы такого съесть, чтобы похудеть

Как расстаться с лишним за пару недель без вреда для здоровья

Cosmopolitan
Первоначально Юпитер был в 2 раза больше, чем сегодня Первоначально Юпитер был в 2 раза больше, чем сегодня

Магнитное поле юного Юпитера было в 50 раз больше, чем сейчас

ТехИнсайдер
Белая ворона: что делать, если ты чувствуешь себя не такой, как все Белая ворона: что делать, если ты чувствуешь себя не такой, как все

Мы живем в мире экстравертов, и, если ты не такая, тебе может быть непросто

Cosmopolitan
Когда медицина перестает быть бумажной: как Москва лечит людей и спасает деревья Когда медицина перестает быть бумажной: как Москва лечит людей и спасает деревья

Как электронная медицина спасает сотни деревьев?

Правила жизни
Когда весна не в радость: как победить аллергический ринит Когда весна не в радость: как победить аллергический ринит

Как отличить аллергию от простуды и как бороться с аллергическим ринитом

РБК
Лучший трофей Лучший трофей

Загородная резиденция для заядлого охотника

SALON-Interior
Прав ли Галилей? Прав ли Галилей?

Можно ли вращаться по инерции?

Наука и жизнь
Неочевидные мелочи, на которые стоит обратить внимание при выборе пиджака и рубашки Неочевидные мелочи, на которые стоит обратить внимание при выборе пиджака и рубашки

Незначительные детали могут много рассказать о любом предмете мужского гардероба

Maxim
План «Триумф»: почему современное русское искусство к мировой распродаже готово План «Триумф»: почему современное русское искусство к мировой распродаже готово

Место российского современного искусства на международной арт-сцене

Forbes
Т — значит тестостерон: 5 способов поднять уровень «мужского» гормона Т — значит тестостерон: 5 способов поднять уровень «мужского» гормона

Как увеличить уровень тестостерона (спойлер: он влияет не только на рост волос)

Playboy
Украшения из человеческих волос и коллекция паразитов: 5 самых странных музеев мира Украшения из человеческих волос и коллекция паразитов: 5 самых странных музеев мира

Ленточный червь, волосы и расписанные унитазы. Самые странные экспонаты музеев

Популярная механика
Видеть мозгом: технология кортикальной имплантации позволит слепым вновь увидеть мир Видеть мозгом: технология кортикальной имплантации позволит слепым вновь увидеть мир

Представьте себе, что человеческое зрение – это современный цифровой фотоаппарат

Популярная механика
Первая леди финтеха Первая леди финтеха

Девушка из Краснознаменска стала директором крупнейшего венчурного фонда Европы

Forbes
Союз нерушимый Союз нерушимый

Кто и как превратил студию «Союзмультфильм» в модный бренд

GQ
5 самых странных черных рынков нашей планеты 5 самых странных черных рынков нашей планеты

Неожиданные нелегальные товары, на которые существует огромный спрос!

Maxim
Lean — философия бережливого производства в стартапе Lean — философия бережливого производства в стартапе

Как метод Lean минимизирует потери финансов, времени и ресурсов

Популярная механика
Ключевые решения Ключевые решения

Сын владельца «Ташира» возглавил в холдинге отца направление жилой недвижимости

Forbes
Ошибка врачей, тайная свадьба и развод: личные драмы Агаты Муцениеце Ошибка врачей, тайная свадьба и развод: личные драмы Агаты Муцениеце

В детстве Агата Муцениеце и не мечтала о такой популярности

Cosmopolitan
Умная косметика Умная косметика

Включайся в новый тренд – подходи к выбору косметики осознанно

Лиза
Главный по теплице. Интервью во время карантина Главный по теплице. Интервью во время карантина

Родриго де ла Калле — человек, который придумал термин «гастроботаника»

Bones
Они не работают: какие бьюти-средства больше не стоит покупать Они не работают: какие бьюти-средства больше не стоит покупать

Устаревшие, неэффективные и даже опасные косметические средства

Cosmopolitan
Дорого и несчастливо: открытые браки и сложные разводы миллиардеров из списка Forbes Дорого и несчастливо: открытые браки и сложные разводы миллиардеров из списка Forbes

Как встречались, жили и расходились американские пары с крупными состояниями

Forbes
Рост юрского динозавра связали с условиями окружающей среды Рост юрского динозавра связали с условиями окружающей среды

Палеонтологи исследовали гистологические срезы костей раннеюрского динозавра

N+1
5 эпичных фильмов про супергероинь, которые уделают любого злодея 5 эпичных фильмов про супергероинь, которые уделают любого злодея

Пять лучших фильмах о супергероинях, которые могут справиться с любым злом

GQ
«Вредные привычки» лица: зачем нужно контролировать мимику? «Вредные привычки» лица: зачем нужно контролировать мимику?

Почему необходимо контролировать лицо и как это делать

Psychologies
Одолжить в аренду Одолжить в аренду

История «закона о ленд-лизе»

Дилетант
Кто старое помянет Кто старое помянет

Архитектор построил новый дом на месте старого и отделал его столетними досками

AD
Кто есть кто: 10 лучших парикмахеров Петербурга Кто есть кто: 10 лучших парикмахеров Петербурга

Кто стрижет солистку Little Big Соню Таюрскую: лучшие парикмахеры Петербурга

Собака.ru
Непоколебимые устои: как развивается мода с приставкой sustainable Непоколебимые устои: как развивается мода с приставкой sustainable

Какие проблемы решает устойчивое развитие

Forbes
Открыть в приложении