Российские ученые разработали алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания

N+1Наука

Аллели регуляторных областей ДНК повлияли на поведение транскрипционных факторов

Вера Мухина

Abramov et al. / Nature Communications 2021

Российские ученые разработали аккуратный алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания транскрипционных факторов и собрали самую большую в мире базу таких событий. Случаев, когда замена в регуляторном участке ДНК оказалась важна для управляющих транскрипцией белков, оказалось порядочно — около полумиллиона, и для многих независимо показана клиническая важность. Работа опубликована в журнале Nature Communications.

Активность работы ДНК — сколько белка будет производиться с того или иного участка и при каких условиях — зашита в ней самой. Помимо кодирующих белки генов там есть и регуляторные участки, — посадочные площадки для соответствующих управляющих белков, называемых факторами транскрипции. Приземление на площадку такого белка меняет активность подшефного гена или даже группы генов. Для исследования комплексов белок:площадка существует технология ChIP-Seq, она позволяет создать карту посадочных площадок, оценить активность их использования или сравнить например работу белка-фактора транскрипции у больных и здоровых.

Как и у белок-кодирующих генов у регуляторных последовательностей ДНК есть свои варианты-аллели. Отличие всего на одну-две буквы-нуклеотида может кардинально изменить способность белка узнавать эту площадку и садиться на нее, и это влечет за собой изменение активности генов. На практике большой коллекции таких событий нет, и изучают их не очень активно из-за сложностей обработки данных. Посчитать на основании эксперимента ChIP-Seq соотношение белков, выбравших первый или второй вариант вариант площадки довольно легко, но дальше начинаются проблемы. В клеточных линиях например — обычном материале для экспериментов — может быть нарушена плоидность. Вместо

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

В гроте Мандрен обнаружили 48 обломков костей архаичных людей В гроте Мандрен обнаружили 48 обломков костей архаичных людей

Ученые проанализировали больше тысячи фрагментов костей из грота Мандрен

N+1
Больно мне, больно Больно мне, больно

Взрослые и самостоятельные, мы все равно остро переживаем потерю отношений

Psychologies
Выяснилось, что микропластик вызывает резистентность к 4 видам антибиотиков Выяснилось, что микропластик вызывает резистентность к 4 видам антибиотиков

Микропластик активно помогает бактериям развивать устойчивость к лекарствам

Inc.
Эксперимент и документ. Какими получились новые фильмы о Сахарове Эксперимент и документ. Какими получились новые фильмы о Сахарове

Два фильма, посвященных знаменитому физику и правозащитнику Андрею Сахарову

РБК
Как психологическое состояние влияет на сексуальную жизнь Как психологическое состояние влияет на сексуальную жизнь

Половая жизнь — это не только физиология, но и сложный эмоциональный процесс

Правила жизни
Одним движением глаз Одним движением глаз

Простая, но эффективная техника, которая поможет отпустить прошлое

Лиза
10 способов взбодриться в середине дня 10 способов взбодриться в середине дня

Как вернуть себе работоспособность?

Psychologies
От чего зависит твой рост? От чего зависит твой рост?

От чего зависит, достигнешь ли ты своего максимального потенциала в росте

Maxim
Авитаминоз и как с ним бороться: тренировка для бодрости Авитаминоз и как с ним бороться: тренировка для бодрости

Кардиотренировки помогут поддерживать витамины в теле

Cosmopolitan
Тренировки по ночам и до тошноты: как я поборола зависимость от спорта Тренировки по ночам и до тошноты: как я поборола зависимость от спорта

История девушки, которая смогла проработать зависимость от спорта

Cosmopolitan
Искусствоведы разобрались в происхождении «Женщины с фонарем» Искусствоведы разобрались в происхождении «Женщины с фонарем»

В начале XVI века «Женщину с фонарем» изготовили в восточных Нидерландах

N+1
Малая земля Малая земля

Крохотный остров под боком у Ибицы обзавелся виллой с коллекцией искусства

AD
Слушать кино: плей-лист режиссера Слушать кино: плей-лист режиссера

Подборке любимых саундтреков из кино от режиссера «Китобоя»

Esquire
Покусились на святое! Лучшие зарубежные экранизации русской классики Покусились на святое! Лучшие зарубежные экранизации русской классики

Экранизации русской классики, снятые за рубежом: обзор

Cosmopolitan
12 наиболее самых лучших эпизодов «Южного Парка» 12 наиболее самых лучших эпизодов «Южного Парка»

Что именно стоит посмотреть из «Южного Парка»?

Maxim
Без WhatsApp и СМС: радиосвязь и проблемы защиты информации в первой половине XX века Без WhatsApp и СМС: радиосвязь и проблемы защиты информации в первой половине XX века

Как передать сообщение по радио так, чтобы его понял только адресат

Популярная механика
Квантовый симулятор справился с непривычной для него задачей Квантовый симулятор справился с непривычной для него задачей

Физики из квантового центра создали пятикубитный квантовый вычислитель

N+1
Актриса Александра Черкасова-Служитель — об определении «не типаж» Актриса Александра Черкасова-Служитель — об определении «не типаж»

Актриса и модель Александра Черкасова-Служитель

РБК
10 актеров, неудачно порвавшие с привычным образом 10 актеров, неудачно порвавшие с привычным образом

Если рассудок и жизнь дороги вам, никогда не выходите из зоны комфорта!

Maxim
«Игра престолов» в космосе: фантастические циклы для поклонников саги Джорджа Мартина «Игра престолов» в космосе: фантастические циклы для поклонников саги Джорджа Мартина

Циклы, которые имеют все шансы прийтись по вкусу любителям «Игры престолов»

Популярная механика
Защитить свои границы и ни с кем не поссориться: возможно ли это? Защитить свои границы и ни с кем не поссориться: возможно ли это?

Как избежать пустых конфликтов, защищая свои границы?

Psychologies
Исследование: какие приложения охотно продают ваши данные Исследование: какие приложения охотно продают ваши данные

Какие персональные данные пользователей и как собирают мобильные приложения?

CHIP
Лиза Адаменко и еще 5 звезд, ставших жертвами домашнего насилия в молодости Лиза Адаменко и еще 5 звезд, ставших жертвами домашнего насилия в молодости

Все наши героини когда-то встретили своих принцев - взрослых, опытных, умных

Cosmopolitan
Эффект просушки: что происходит с радиоактивной лавой под реактором в Чернобыле Эффект просушки: что происходит с радиоактивной лавой под реактором в Чернобыле

Откуда взялись нейтроны в давно «остывшем» месте катастрофы в Чернобыле

N+1
Мама, у меня получилось! Безусловное принятие и здоровая самооценка Мама, у меня получилось! Безусловное принятие и здоровая самооценка

Случалось ли вам чувствовать себя никчемным?

Домашний Очаг
Улыбка на миллион: сколько заплатили звезды за свои идеальные зубы Улыбка на миллион: сколько заплатили звезды за свои идеальные зубы

Что делать тем, кого природа «наградила» не самыми привлекательными зубами?

Cosmopolitan
Был карликом, стал великаном: история загадочного пациента из Австрии Был карликом, стал великаном: история загадочного пациента из Австрии

Необычная история Адама Рейнера не знает аналогов

Cosmopolitan
С пьедестала на нары. Знаменитые спортсмены, сидевшие в тюрьме С пьедестала на нары. Знаменитые спортсмены, сидевшие в тюрьме

Когда забить — это не про гол, а сесть — не про скамейку запасных

Maxim
Архитектура для жизни Архитектура для жизни

Как системный подход помогает управлять городами

N+1
«Мёртвый жук» и еще 4 упражнения, которые можно делать в кровати «Мёртвый жук» и еще 4 упражнения, которые можно делать в кровати

Утренняя зарядка для тех, кто не любит быстро вставать с постели

Maxim
Открыть в приложении