Российские ученые разработали алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания

N+1Наука

Аллели регуляторных областей ДНК повлияли на поведение транскрипционных факторов

Вера Мухина

Abramov et al. / Nature Communications 2021

Российские ученые разработали аккуратный алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания транскрипционных факторов и собрали самую большую в мире базу таких событий. Случаев, когда замена в регуляторном участке ДНК оказалась важна для управляющих транскрипцией белков, оказалось порядочно — около полумиллиона, и для многих независимо показана клиническая важность. Работа опубликована в журнале Nature Communications.

Активность работы ДНК — сколько белка будет производиться с того или иного участка и при каких условиях — зашита в ней самой. Помимо кодирующих белки генов там есть и регуляторные участки, — посадочные площадки для соответствующих управляющих белков, называемых факторами транскрипции. Приземление на площадку такого белка меняет активность подшефного гена или даже группы генов. Для исследования комплексов белок:площадка существует технология ChIP-Seq, она позволяет создать карту посадочных площадок, оценить активность их использования или сравнить например работу белка-фактора транскрипции у больных и здоровых.

Как и у белок-кодирующих генов у регуляторных последовательностей ДНК есть свои варианты-аллели. Отличие всего на одну-две буквы-нуклеотида может кардинально изменить способность белка узнавать эту площадку и садиться на нее, и это влечет за собой изменение активности генов. На практике большой коллекции таких событий нет, и изучают их не очень активно из-за сложностей обработки данных. Посчитать на основании эксперимента ChIP-Seq соотношение белков, выбравших первый или второй вариант вариант площадки довольно легко, но дальше начинаются проблемы. В клеточных линиях например — обычном материале для экспериментов — может быть нарушена плоидность. Вместо

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Распространявшиеся за счет гомфотериев чилийские растения так и не оправились от их вымирания Распространявшиеся за счет гомфотериев чилийские растения так и не оправились от их вымирания

Гомфотерии регулярно поедали плоды и участвовали в распространении семян

N+1
Один день: как мир встречал 9 мая 1945 года Один день: как мир встречал 9 мая 1945 года

7 мая в 2:41 в Реймсе был подписан акт о безоговорочной капитуляции Германии

Esquire
Исследование: духи разрушают защитное поле организма. К чему это может привести? Исследование: духи разрушают защитное поле организма. К чему это может привести?

Использование духов и лосьонов способно нарушить микробиом кожи человека

Inc.
Перемена слагаемых Перемена слагаемых

Устали от стандартных маршрутов и толп туристов на курортах?

Добрые советы
Тревожное исследование: ChatGPT убивает наше критическое мышление Тревожное исследование: ChatGPT убивает наше критическое мышление

Чем чрезмерное использование нейросетей крайне вредно для нашего мозга

ТехИнсайдер
Как правильно загорать в солярии Как правильно загорать в солярии

Сколько минут загорать в солярии и как делать это правильно

Cosmopolitan
Сверхвысокое разрешение в микроскопии стало возможно без флуоресценции Сверхвысокое разрешение в микроскопии стало возможно без флуоресценции

Удалось получить изображение с разрешением, превосходящим дифракционный предел

N+1
Анастасия Макеева: «Я тоже хочу быть счастливой!» Анастасия Макеева: «Я тоже хочу быть счастливой!»

Интервью с актрисой Анастасией Макеевой

Здоровье
Россияне скупают недвижимость в Турции: зачем и можно ли на этом заработать Россияне скупают недвижимость в Турции: зачем и можно ли на этом заработать

Как покупать жилье в Турции, чтобы заработать?

Forbes
Неандертальцев из Васко-Кантабрии сгубила низкая мобильность Неандертальцев из Васко-Кантабрии сгубила низкая мобильность

Археологи: современные люди пережили неандертальцев благодаря мобильности

N+1
Голые и в бикини: пикантные фото Рудовой, Кошкиной и других звезд «Молодежки» Голые и в бикини: пикантные фото Рудовой, Кошкиной и других звезд «Молодежки»

Актрисы сериала «Молодежка» примеряют впечатляющие сексуальные образы

Cosmopolitan
Уроки кройки и шитья: что такое upcycling и кто строит бизнес на вторичном производстве одежды Уроки кройки и шитья: что такое upcycling и кто строит бизнес на вторичном производстве одежды

Что происходит на рынке вторичного производства одежды сегодня

Forbes
Мы все манипуляторы? Мы все манипуляторы?

Люди нередко подозревают друг друга в манипулировании. Кто прав?

Psychologies
Дорого, богато, смешно: кого радует «уродливая мода» Дорого, богато, смешно: кого радует «уродливая мода»

Что такое «уродливая мода»

Psychologies
Буллинг, хейт, погоня за лайками: чем опасны соцсети и как защитить себя? Буллинг, хейт, погоня за лайками: чем опасны соцсети и как защитить себя?

Соцсети стали нашей второй реальностью

Cosmopolitan
Счастливый грант Счастливый грант

Дарья Крошкина из Старого Оскола строит международный образовательный стартап

Forbes
В чернилах на китайских гадальных костях бронзового века нашли сажу и киноварь В чернилах на китайских гадальных костях бронзового века нашли сажу и киноварь

Ученые определили состав пигментов в гадальных костях бронзового века

N+1
Течет река Течет река

Волгоград — земля героев, речных просторов и фантастически красивых пейзажей

Лиза
Отрывок из книги Ребекки Хендерсон «Капитализм в огне» Отрывок из книги Ребекки Хендерсон «Капитализм в огне»

Отрывок из книги «Капитализм в огне», где рассматривается опыт KAF и Toyota

Esquire
Ради спасения планеты: как биотех-стартап Zymergen провел IPO и зачем ему это нужно Ради спасения планеты: как биотех-стартап Zymergen провел IPO и зачем ему это нужно

Почему инвесторы поверили в Zymergen?

Forbes
Что такое лимфодренажный массаж, зачем и как его делать Что такое лимфодренажный массаж, зачем и как его делать

Разбираемся, как правильно делать лимфодренажный массаж

РБК
«Я хожу на свидания с поклонниками»: Агата Муцениеце готова к новому браку «Я хожу на свидания с поклонниками»: Агата Муцениеце готова к новому браку

Агата Муцениеце рассказала, как ее менталитет повлиял на отношения с мужчинами

Cosmopolitan
Личные драмы звезд фильма «В бой идут одни Личные драмы звезд фильма «В бой идут одни

Как сложилась судьба актеров фильма «В бой идут одни "старики"»

Cosmopolitan
30 до 30. Спорт 30 до 30. Спорт

Список Forbes молодых и перспективных россиян. Спорт

Forbes
Перед ледниковым периодом Европу заселили генетически разнообразные популяции охотников-собирателей Перед ледниковым периодом Европу заселили генетически разнообразные популяции охотников-собирателей

Палеогенетики выделили геном женщины из Румынии древностью около 34 тысяч лет

N+1
74 миллиона рублей за пост: знаменитости с самой дорогой рекламой в инстаграме 74 миллиона рублей за пост: знаменитости с самой дорогой рекламой в инстаграме

Сколько зарабатывают наши и зарубежные звезды в инстаграме?

Cosmopolitan
«Сумерки» 13 лет спустя: как сегодня выглядят главные актеры саги «Сумерки» 13 лет спустя: как сегодня выглядят главные актеры саги

Как изменились главные актеры самой романтичной вампирской саги

Cosmopolitan
В поисках духа молодости В поисках духа молодости

Почему люди старятся по-разному

Здоровье
Как победить неравенство, выжить при авторитаризме и преодолеть кризис. 7 книг с ответами на главные вопросы об обществе и политике Как победить неравенство, выжить при авторитаризме и преодолеть кризис. 7 книг с ответами на главные вопросы об обществе и политике

Семь нон-фикшн книг, которые отвечают на важные социально-политические вопросы‎

СНОБ
Битва при Карансебеше. Австрийская трагикомедия Битва при Карансебеше. Австрийская трагикомедия

Иосиф II так спешил разбить османов, что в итоге разбил свою собственную армию

Дилетант
Открыть в приложении