Российские ученые разработали алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания

N+1Наука

Аллели регуляторных областей ДНК повлияли на поведение транскрипционных факторов

Вера Мухина

Abramov et al. / Nature Communications 2021

Российские ученые разработали аккуратный алгоритм для поиска аллель-специфичного связывания транскрипционных факторов и собрали самую большую в мире базу таких событий. Случаев, когда замена в регуляторном участке ДНК оказалась важна для управляющих транскрипцией белков, оказалось порядочно — около полумиллиона, и для многих независимо показана клиническая важность. Работа опубликована в журнале Nature Communications.

Активность работы ДНК — сколько белка будет производиться с того или иного участка и при каких условиях — зашита в ней самой. Помимо кодирующих белки генов там есть и регуляторные участки, — посадочные площадки для соответствующих управляющих белков, называемых факторами транскрипции. Приземление на площадку такого белка меняет активность подшефного гена или даже группы генов. Для исследования комплексов белок:площадка существует технология ChIP-Seq, она позволяет создать карту посадочных площадок, оценить активность их использования или сравнить например работу белка-фактора транскрипции у больных и здоровых.

Как и у белок-кодирующих генов у регуляторных последовательностей ДНК есть свои варианты-аллели. Отличие всего на одну-две буквы-нуклеотида может кардинально изменить способность белка узнавать эту площадку и садиться на нее, и это влечет за собой изменение активности генов. На практике большой коллекции таких событий нет, и изучают их не очень активно из-за сложностей обработки данных. Посчитать на основании эксперимента ChIP-Seq соотношение белков, выбравших первый или второй вариант вариант площадки довольно легко, но дальше начинаются проблемы. В клеточных линиях например — обычном материале для экспериментов — может быть нарушена плоидность. Вместо

Авторизуйтесь, чтобы продолжить чтение. Это быстро и бесплатно.

Регистрируясь, я принимаю условия использования

Рекомендуемые статьи

Химики воспроизвели межзвездный синтез всех молекул цикла Кребса Химики воспроизвели межзвездный синтез всех молекул цикла Кребса

Химики в лаборатории синтезировали весь набор карбоновых кислот из цикла Кребса

N+1
Долгая счастливая жизнь Долгая счастливая жизнь

Старение – это естественно, но не нормально

Популярная механика
Ингибитор тирозинкиназы помог при хронической крапивнице в третьей фазе испытаний Ингибитор тирозинкиназы помог при хронической крапивнице в третьей фазе испытаний

Ученые сообщили об успехе испытаний ремибрутиниба при хронической крапивнице

N+1
История одной фотографии: день, когда Швеция перешла на правостороннее движение, 1967 год История одной фотографии: день, когда Швеция перешла на правостороннее движение, 1967 год

Швеция оставалась последней страна Европы, перешедшая на правостороннее движение

Maxim
«А как же шарики?!» Человечество исчерпает запасы гелия быстрее, чем нефти или газа – но есть выход «А как же шарики?!» Человечество исчерпает запасы гелия быстрее, чем нефти или газа – но есть выход

Поставщики начали отказывать в поставках гелия даже научным лабораториям

ТехИнсайдер
Ранняя менопауза: почему климакс может наступить до 40 лет Ранняя менопауза: почему климакс может наступить до 40 лет

Что такое преждевременная менопауза и в чем она выражается?

Cosmopolitan
В порядке вещей В порядке вещей

Дом под Санкт-Петербургом стал территорией технологий и стерильного порядка

AD
Ранние гоминины и сапиенсы не повлияли на вымирание мегафауны островов в плейстоцене Ранние гоминины и сапиенсы не повлияли на вымирание мегафауны островов в плейстоцене

Антропогенный фактор стал главной причин исчезновения многих видов голоцена

N+1
Любители подземной тишины Любители подземной тишины

Что может быть страннее белых растений!

Наука и жизнь
Мама Нина и ее 512 снайперов: история Нины Петровой, ушедшей на фронт в 48 лет Мама Нина и ее 512 снайперов: история Нины Петровой, ушедшей на фронт в 48 лет

Каждый шаг Нины Павловны Петровой был подвигом

Cosmopolitan
Вышел из дома и не вернулся: трагичные судьбы детей – актеров советского кино Вышел из дома и не вернулся: трагичные судьбы детей – актеров советского кино

Слава не сделала их счастливыми, а судьба многих закончилась трагично

Cosmopolitan
Последствия извержения вулкана в Конго: сотни людей остались без крова Последствия извержения вулкана в Конго: сотни людей остались без крова

Почему извержение вулкана застало жителей Конго в расплох

ТехИнсайдер
Мама отличника, Плохая бабушка и не только: пожилые блогеры из инстаграма Мама отличника, Плохая бабушка и не только: пожилые блогеры из инстаграма

Блогеры, которым за 50 и которые показывать: начинать новое никогда не поздно

Cosmopolitan
Необычные секс-традиции Древней Индии Необычные секс-традиции Древней Индии

Кое-что из этого индусы практикуют до сих пор…

Maxim
Вопрос доверия Вопрос доверия

Что нужно, чтобы ребенок превратился в полноценного взрослого человека

СНОБ
5 фактов о микроблейдинге, узнав которые, ты точно откажешься от процедуры 5 фактов о микроблейдинге, узнав которые, ты точно откажешься от процедуры

Что делать, если матушка-природа наградила тебя жидкими, бесцветными бровями

Cosmopolitan
Как эффективнее принимать решения — метод офицера американских «морских котиков» Как эффективнее принимать решения — метод офицера американских «морских котиков»

Эти 5 принципов помогут быстро найти оптимальный выбор даже в сложной ситуации

Inc.
Дресс-код доступа: по какой теперь «одежке» встречают в приличном обществе Дресс-код доступа: по какой теперь «одежке» встречают в приличном обществе

Толстовка — визитка молодых талантов, кардиган — признак венчурного капиталиста

Forbes
История одной песни: «One» Metallica, 1988 История одной песни: «One» Metallica, 1988

Как Metallica создала первый в своей истории на песню One

Maxim
Почему вам пора заняться медитацией: полезный гид по практике осознанности Почему вам пора заняться медитацией: полезный гид по практике осознанности

Почему всем нам нужно начать медитировать?

GQ
«А где моя сумка?»: как психотерапевт остановил вора и чему научилась его клиентка «А где моя сумка?»: как психотерапевт остановил вора и чему научилась его клиентка

Важным элементом терапии может стать даже самый неприятный инцидент

Psychologies
Тогда и сейчас: как красотки из шоу Comedy Woman выглядели в юности Тогда и сейчас: как красотки из шоу Comedy Woman выглядели в юности

Как девушки из шоу Comedy Woman выглядели до ошеломительной популярности

Cosmopolitan
«Это современное житие святого»: Роман Супер — о работе над фильмом про академика Сахарова «Это современное житие святого»: Роман Супер — о работе над фильмом про академика Сахарова

Почему Андрей Сахаров — это символ большой морали. Фильм «Сахаров. Две жизни»

Forbes
Все такие творческие: как руководить креативной командой Все такие творческие: как руководить креативной командой

Если ваша команда состоит из креативщиков, к людям нужен особый подход

Inc.
«Друзья» снова вместе»: почему весь мир так ждет воссоединения героев «Друзья» снова вместе»: почему весь мир так ждет воссоединения героев

«Друзья» снова соберутся вместе, правда всего на один выпуск

Cosmopolitan
Сооснователь Netflix: Ваша идея — отстой. Но это вообще не важно Сооснователь Netflix: Ваша идея — отстой. Но это вообще не важно

Вы должны перестать думать и начать делать

Inc.
Кодекс шопоголика: как бороться с навязчивым желанием приобретать вещи Кодекс шопоголика: как бороться с навязчивым желанием приобретать вещи

Причины шопоголизма и способы справиться с бесконтрольным потреблением

Psychologies
Всё к счастью Всё к счастью

Самая подробная инструкция по счастью

Cosmopolitan
Как все это случилось: Мексиканский залив Как все это случилось: Мексиканский залив

Какие уроки нужно извлечь из катастрофы на буровой платформе Deepwater Horizon

Популярная механика
Механика лунного жилища: миссия LUNARK в Гренландии и ее итоги Механика лунного жилища: миссия LUNARK в Гренландии и ее итоги

Каково это — провести 3 месяца в капсуле объемом 17,2 м³ под постоянными вьюгами

Популярная механика
Открыть в приложении